En el año 2002, la antigua Secretaria General de Pesca Marítima del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación crea el Observatorio Español de Acuicultura (OESA) con el objetivo servir de plataforma para el análisis y seguimiento permanente del desarrollo de la acuicultura en España, tanto en lo que se refiere a las actividades de I+D+I como a las realizadas por las distintas administraciones públicas y las empresas, fomentando de este modo la investigación científica de excelencia y el desarrollo tecnológico necesarios para incrementar la competitividad de las industrias.

En mayo de 2008, la Ministra de Agricultura, Pesca y Alimentación propone al Consejo de Ministros la creación de la Fundación Observatorio Español de Acuicultura, cuya constitución se acuerda en el Consejo de Ministros en diciembre del mismo año, recogiéndose que el ejercicio del protectorado recaerá en el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, hoy Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino.

Este importante paso da lugar a una nueva época para el Observatorio, que desde este momento pasa a funcionar como una Fundación del Sector Público Estatal, quedando este hecho recogido en los Estatutos que desde este momento regirán su funcionamiento.